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甘家湖梭梭林國家級自然保護區(qū)地帶性土壤屬荒漠一灰棕色荒漠土地帶。但由于氣候條件、地形母質、水文條件及成土年齡的不同，這里的土壤主要分布有灰棕色荒漠土、灰漠土、風沙土、草甸土、鹽漬土等。
甘家湖梭梭林國家級自然保護區(qū)的植被類型多樣，種類豐富，有野生植物270種，瀕危物種32種，主要是具有較高藥用價值的肉蓯蓉、鎖陽、羅布麻、枸杞、甘草等，優(yōu)勢樹種為梭梭、胡楊、檉柳等，植被類型呈典型的荒漠特征。主要的群落有白梭梭群落、梭梭群落、胡楊群落、胡楊-檉柳-梭梭群落、檉柳-梭梭群落等。白梭梭群落主要分布在保護區(qū)南部臨近莫特塔爾沙漠的低矮沙丘、沙地及高大沙丘上。
梭梭群落分布在保護區(qū)中部沖積平原的壤土地帶。胡楊群落分布奎屯河谷，古爾圖河舊河床南段及四棵樹河流域。胡楊-檉柳-梭梭群落主要分布在奎屯河南岸及古爾圖舊河床北段。檉柳-梭梭群落主要分布在保護區(qū)北側的奎屯河南岸，其中主要以梭梭為主，檉柳分布在其中，灌叢較大。依據最新衛(wèi)星影像照片解譯，白梭梭群落在保護區(qū)內分布的面積為22412.25公頃，梭梭群落面積為18876.32公頃，胡楊群落面積為3492.64公頃，胡楊-檉柳-梭梭群落面積為3843.32公頃，檉柳-梭梭群落面積為2456.06公頃。
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